اجزای اصلی یک خردکن زباله پزشکی تیغه ها و سر کاتر هستند. تیغه ها عموماً از فولاد آلیاژی با استحکام بالا و مقاوم در برابر سایش ساخته شده اند که قادر به خرد کردن سریع و یکنواخت ضایعات پزشکی مختلف از جمله سرنگ ها، لوله های تزریق، بطری های دارو و زباله های آزمایشگاهی هستند. سر کاتر برای تثبیت و حمایت از تیغه ها در حالی که همزمان چرخش آنها را به حرکت در می آورد استفاده می شود. طراحی آن فاصله مناسب تیغه ها را برای دستیابی به اثر خرد شدن بهینه و اندازه ذرات خروجی تضمین می کند. سایر قطعات شامل موتور، کاهنده، یاتاقان ها و کوپلینگ ها می باشد. موتور قدرت را فراهم می کند، کاهنده سرعت را تنظیم می کند تا از عملکرد تیغه با سرعت بالا و پایدار اطمینان حاصل کند، و یاتاقان ها و کوپلینگ ها پشتیبانی و قدرت انتقال را ارائه می دهند، به مقاومت در برابر سایش و مقاومت در برابر دمای بالا برای اطمینان از عملکرد پایدار طولانی مدت و کاهش لرزش و سر و صدا نیاز دارند.
دستگاه های خردکن زباله های پزشکی به لوازم جانبی ایمنی و کمکی مانند پوشش محافظ ورودی خوراک، دستگاه ضد انسداد، شیر کنترل خروجی تخلیه و دکمه توقف اضطراری نیز مجهز هستند. این لوازم جانبی ایمنی عملیاتی را تضمین می کند و از تماس تصادفی اپراتورها با تیغه ها جلوگیری می کند. لوازم جانبی کمکی مانند پایه دستگاه، پیچ‌های ثابت و دستگاه‌های میرایی ارتعاش، پایداری تجهیزات را تضمین می‌کنند، تمیز کردن و نگهداری را تسهیل می‌کنند و ایمنی و قابلیت اطمینان را حفظ می‌کنند و در عین حال عملکرد کارآمد را تضمین می‌کنند.